اعمال حاکمیت دولت در سواحل و بنادر به منظور فراهم ساختن تسهیلات لازم در جهت گسترش امور تجارت دریایى و ارتباطات ساحلى و همچنین وصول حقوق و عوارض متداول، قسمتى از وظایف سازمان بنادر و دریانوردی را تشکیل می دهد که سابقه تنظیم تاریخى آن به 12 ذیحجه سال 1229 برابر با 25 نوامبر 1814 میلادى باز می گردد.

در آن سالها در بندر بوشهر اداره‏ اى به‏ عنوان "شعبه گمرکات جنوب" تاسیس شد. این اداره وظیفه داشت ضمن مراقبت از سواحل ایران از ورود و صدور کالاهاى قاچاق از راههاى دریایى جنوب نیز جلوگیرى نماید و در حقیقت وظایف امور بندرى و دریایى را شعبه گمرکات جنوب برعهده داشت.

در تاریخ ششم بهمن ماه 1306 شمسی، تاسیسات وتجهیزات اداره بندرانزلی در شمال کشور از دولت روسیه تحویل واداره امور آن به مامورین ایرانى سپرده شد و نیز راه آهن سراسری ایران، بندر ترکمن را از کنار دریای خزر به بندر امام خمینی(ره) در کرانه خلیج فارس متصل ساخت.

از سال 1307 پس از افتتاح راه شوسه تهران-خرمشهر، بندر خرمشهر در جنوب کشور اهمیت فراوان پیدا کرد و امر تجارت دریایى آن رونق یافت و به‏منظور اداره امور بنادر کشور «اداره کل بنادر» در روز 15 بهمن ماه 1314 در تهران تأسیس شد و کلیه امور بنادر ایران در آن متمرکز شد. در این زمان ضمن ایجاد بندر جدیدى در نوشهر نسبت به توسعه و تکمیل باراندازهاى بندر خرمشهر و همچنین ایجاد تأسیسات بندرى لازم در سایر بنادر شمال و جنوب کشور اقدام شد.

درتاریخ 24 دیماه 1317هیات وزیران آئین نامه بندری ایران را که از طرف وزارت راه تهیه و پیشنهاد شده بود تصویب ومقرر شد در بنادری که وزارت راه نماینده ندارد اداره کل گمرک به نمایندگی از طرف وزارت مذکور مجری آئین نامه مورد بحث باشد.

درچهارم شهریور ماه 1325 طبق تصویب هیات وزیران مقرر شد که درآمد حاصل از بهره برداری بنادر جهت توسعه تاسیسات بندری در حساب مخصوصی منظور گردد. در سال 1328 بنگاه کل بنادر و کشتیرانی بجای اداره کل بنادر در وزارت راه تشکیل شد. در تاریخ هفتم خرداد ماه 1331 آئین نامه ثبت و بهره برداری شناورها مشتمل بر 18 ماده به تصویب هیات وزیران رسید و براساس آن مقرر شد که استفاده از شناورها در آبهای داخلی و ساحلی ایران موکول به ثبت آنها و اخذ گواهینامه مربوطه در یکی از بنادر ایران باشد. در سال 1338 براساس توافق دو وزارت راه و گمرکات وانحصارات، بنگاه کل بنادر و کشتیرانی از وزارت راه به وزارت گمرکات و انحصارات منتقل شد.

در چهارم خرداد ماه 1339 بنگاه کل بنادر و کشتیرانی به سازمان بنادر و کشتیرانی تبدیل و بر مسئولیت و اختیارات آن افزوده شد. براساس آن، اعمال حاکمیت در آبهای ساحلی و تولیت کلیه امور بندری و دریایی کشور و اجرای مقررات بندری و کشتیرانی ساحلی و مراقبت در توسعه کشتیرانی بازرگانی و وصول حقوق و عوارض بندری و ثبت شناورهای تابع کشور بعهده آن گذاشته شد. در همین سال اداره کل بندر خرمشهر که مستقلا انجام وظیفه می نمود تابع سازمان بنادر و کشتیرانی شد.

این سازمان دردهم خرداد ماه 1340 به وزارت بازرگانی منتقل و در تاریخ بیستم اسفند ماه 1341 پس از تشکیل وزارت اقتصادی تابع این وزارتخانه شد.

در 29 شهریور ماه 1343 قانون دریایی ایران که در 194ماده تنظیم شده بود به مورد اجرا گذارده شد و از دوازدهم تیرماه 1345 سازمان بنادر و کشتیرانی فعلی بر طبق قانون با کلیه کارکنان و بودجه و اموال از وزارت اقتصاد منتزع و تابع وزارت دارایی شد. براساس قانون اختیارات مالی و استخدامی و تشکیل بنادر و گمرکات، ازتاریخ 19 تیرماه 1348 سازمان بنادر و کشتیرانی از شمول مقررات قانون محاسبات عمومی و قانون استخدام کشوری و آئین نامه معاملات دولتی خارج شد و برای حفاظت انبارها، کالاها، ساختمانها و همچنین انجام اجرائیات و امور انتظامی و حفاظتی در اسکله ها و باراندازها، سازمانی بنام بنادر و گمرکات در وزارت دارایی پیش بینی شد.

به استناد ماده دوم قانون اختیارات و آئین نامه دیگری که به تصویب کمیسیونهای دارایی و استخدامی مجلسین رسید، از تاریخ 13 بهمن ماه 1348 سازمان شخصیت حقوقی پیدا نمود و وظایف و اختیارات، ارکان و تشکیلات آن اعلام شد.

آئین نامه های معاملات مالی در تاریخ 24 خرداد ماه 1349 و آئین نامه استخدامی سازمان بنادر و کشتیرانی در تاریخ 6 مرداد 1349 مورد تصویب شورای عالی سازمان قرارگرفت و این سازمان در سال 1353 مجددا از وزارت دارایی منتزع و به وزارت راه وترابری انتقال یافت. به موجب مصوبه مورخ 1387/2/10 مجلس شورای اسلامی و تایید شورای نگهبان که طی نامه شماره 79/12223 مورخ 1387/02/29 به مجلس شورای اسلامی واصل شد. نام سازمان بنادر و کشتیرانی به سازمان بنادر و دریانوردی تغییر یافت و کلیه قوانین و مقررات حاکم بر سازمان بنادر و کشتیرانی عیناً در سازمان بنادر و دریانوردی حاکم و جاری شد.